Podle místní legendy žil v blízké vesničce Lužec, dnes část Raspenavy, chudý řemeslník, sítař a řešetář, se svou nemocnou ženou a dítětem. Jednoho dne roku 1211 hledal v hejnickém lese dřevo na práci a pod třemi lípami na břehu říčky Smědé usnul.  Ve snu spatřil lípu zalitou září, na větvích seděli andělé. Jeden z nich  mu řekl: "Jsi na zázračném místě, na kterém se zalíbilo Otci. Jdi domů a vrať se s obrázkem Matky Boží, aby každý, kdo v budoucnu půjde kolem, se mohl zastavit a mít účast na milosti. Tobě se pak za odměnu uzdraví žena i dítě." 

Řemeslník, který nabyl přesvědčení, že nešlo o pouhý sen, zakoupil při nejbližší návštěvě Žitavy dřevěnou sošku Panny Marie, položil ji s úctou a bázní do dutiny staré lípy, pomodli se před ní a prosil Boha o pomoc. Potom přivezl svoji ženu a dítě a společně prosili matku Boží o přímluvu u Boha. A podle legendy se jeho žena i dítě skutečně uzdravily.

Když věhlas Hejnic jako poutního místa stále rostl a počet poutníků nadále vzrůstal, byl koncem 17. století ke kostelu přistavěn ještě františkánský klášter, který byl po rozsáhlé rekonstrukci v roce 2001 otevřen jako Mezinárodní centrum duchovní obnovy, které slouží Vám, poutníkům. Aktuálně pod názvem Klášter Hejnice, vzdělávací, konferenční a poutní dům.

Původně zde ve 14. století stál malý dřevěný kostelík, který byl postupně rozšiřován. Nejcennějším předmětem je dřevěná gotická plastika Černé Madony z roku 1380. Před chrámem stojí Mariánský sloup z roku 1695. V místě najdeme i cenné umělecké sochy z období baroka - sochy sv. Václava, sv. Jana Nepomuckého a boží muka. V chrámu je také umístěna expozice Hejnického Betlému z 18. století, jehož tvůrce je neznámý. Prokazatelně se však jednalo o místního umělce, protože Betlém zachycuje výjevy ze života františkánů a zobrazuje okolí Hejnic.